ÉDGAR JULIÁN NIÑO CARRILLO

Contralor Delegado para el Sector Salud

NANCI YOLANDA BUITRAGO GARZÓN[1]

EDUARDO SADIT RUANO[1]

Julio 2026, Edición 380.

DESDE LA EXPEDICIÓN de la Constitución de 1991 y la Ley 100 de 1993, el sistema de salud en Colombia se ha basado en la participación de agentes públicos y privados para garantizar el acceso a la población. Sin embargo, el periodo 2022-2026 ha estado marcado por una crisis sistémica donde el modelo de aseguramiento enfrenta cuestionamientos profundos sobre su viabilidad financiera y operativa. Como organismo superior de control fiscal, la Contraloría General de la República (CGR) ha ejercido una vigilancia permanente sobre los recursos que financian este derecho fundamental, en cumplimiento de su misión constitucional y legal, mediante acciones de seguimiento, control y fiscalización que han permitido la emisión de alertas tempranas orientadas a prevenir la pérdida y el uso indebido de los recursos del sistema.

Aciertos consolidados

El mayor éxito del sistema sigue siendo la cobertura universal, que alcanzó el 99,12 % en 2022 y se mantuvo por encima del 98,3 % el primer trimestre de 2026 (ADRES), por lo que se convirtió en uno de los modelos con mayor alcance poblacional en América Latina. En 2020, Colombia ingresó a la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económicos (OCDE), organismo internacional que promueve políticas para mejorar el bienestar económico y social. Los datos sanitarios constituyen un recurso importante para los países afiliados, en tanto pueden utilizarse para mejorar la calidad de la atención y el rendimiento de los sistemas de salud.

De acuerdo con la OCDE, el avance en cobertura ha permitido mejorar el acceso a los servicios de salud para poblaciones vulnerables y reducir significativamente el gasto directo de los hogares en atención médica, fortaleciendo la protección financiera de los usuarios. La Organización destaca, además, que la expansión de la cobertura benefició especialmente a los hogares de menores ingresos, al disminuir las brechas de acceso entre diferentes grupos poblacionales[2].

Otro aspecto positivo es el fortalecimiento de la atención en salud y los avances en resultados sanitarios mediante estrategias de atención primaria y gobernanza del sistema. La World Health Organization señala que Colombia ha desarrollado iniciativas para capacitar a profesionales y gestores territoriales, fortaleciendo la planificación y la gestión de enfermedades prioritarias con un enfoque de equidad. Asimismo, reporta una reducción sostenida de la mortalidad materna durante cuatro años consecutivos, atribuida a estrategias nacionales basadas en evidencia, coordinación interinstitucional y monitoreo permanente. Estos logros evidencian que, pese a los desafíos de sostenibilidad y acceso que enfrenta el sistema, existen capacidades institucionales y programas de salud pública que han generado mejoras medibles en indicadores de salud de la población[3], que deben seguir fortaleciéndose.

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El procesamiento realizado con la información de PQR reportada por la Superintendencia Nacional de Salud (SNS) evidencia diferencias claras entre municipios.

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Desafíos y debilidades estructurales

A pesar de la cobertura nominal, la calidad y la oportunidad del servicio presentan rezagos importantes. La insatisfacción ciudadana alcanzó niveles históricos en 2025, al registrar 2.061.661 peticiones, quejas y reclamos (PQR), un aumento del 27,4 % respecto al año anterior, cuando se registraron 1.614.622 solicitudes. Los principales motivos son la falta de oportunidad en citas especializadas y la entrega inoportuna de medicamentos. Para 2025, el Ministerio de Salud reportó 312.570 acciones de tutela ante la jurisdicción constitucional, relacionadas con la vulneración del derecho a la salud[4].

Un factor crítico identificado por la CGR es la deuda con los gestores farmacéuticos, que alcanzó los $2,8 billones en 2024, y se convirtió en una de las principales barreras para el suministro oportuno de medicamentos.

El gráfico 1 representa el mapa de peticiones, quejas y reclamos por municipio reportados para la vigencia 2025.

El procesamiento realizado con la información de PQR reportada por la Superintendencia Nacional de Salud (SNS) evidencia diferencias claras entre municipios. Los tres primeros quintiles presentan valores moderados de inconformidad, lo que indica problemas de acceso a medicamentos, aunque no críticos. En contraste, el cuarto quintil registra niveles más altos de quejas, asociados a territorios con mayor riesgo, mientras el quinto quintil, que agrupa el 20 % de municipios con mayores tasas, presenta valores entre 7,3 y 36,4 PQR por cada 1.000 habitantes, con una amplia variabilidad interna. La diferencia entre los municipios con menor y mayor incidencia alcanza 20,3 quejas por cada 1.000 habitantes, lo que implica que los territorios del quintil superior pueden registrar niveles de peticiones más de 20 veces mayores que los del quintil inferior. Esta situación refleja desigualdades territoriales en el acceso a medicamentos y en la capacidad de respuesta del sistema de salud. Además, la dispersión observada en el último quintil sugiere la existencia de focos críticos con problemas más severos. En conjunto, se observa un aumento progresivo en la intensidad de las inconformidades a medida que se avanza entre los quintiles. En general, los resultados confirman que las dificultades en el acceso a medicamentos constituyen un fenómeno extendido en el país.

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La CGR encontró que para 2024 solo 7 de las 29 EPS cumplen con el régimen de inversión de reservas técnicas, lo que significa que el 89 % del sistema carece de liquidez inmediata para respaldar sus obligaciones.

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Por otro lado, al cierre de 2024 la situación del aseguramiento se torna alarmante. La deuda global de las 29 entidades promotoras de salud (EPS) activas ascendió a $32,9 billones, de los cuales $24,4 billones corresponden a entidades intervenidas por la SNS. El sistema presenta una siniestralidad promedio del 110,1 %, lo que indica que los costos médicos superan ampliamente los ingresos por la Unidad de Pago por Capitación (UPC). Igualmente, el organismo de control identificó una diferencia de $2,71 billones entre los ingresos reportados por las EPS y la información financiera verificada en sus estados certificados[5].

En el ámbito financiero, el sistema enfrenta un déficit de solvencia. Se ha evidenciado que la mayoría de las EPS no cumplen con el requisito legal de mantener reservas técnicas suficientes, lo cual compromete su capacidad para responder ante los prestadores. Frente a esta condición de habilitación, la CGR encontró que para 2024 solo 7 de las 29 EPS cumplen con el régimen de inversión de reservas técnicas, lo que significa que el 89 % del sistema carece de liquidez inmediata para respaldar sus obligaciones[6].

El cuadro 1 (página siguiente), muestra las EPS que habían incumplido con las condiciones financieras y de solvencia con corte al 31 de diciembre de 2024.

En cuanto a la necesidad inminente de hacer ajustes al actual sistema de salud, el ejecutivo presentó dos proyectos de ley con el objetivo de transformar el sistema mediante la eliminación de la intermediación financiera y el fortalecimiento de la atención primaria. Sin embargo, las iniciativas fueron archivadas por la Comisión Séptima del Senado, debido a serias dudas sobre su sostenibilidad financiera y su viabilidad operativa. Al respecto, la CGR identificó que la reforma implicaba un costo fiscal incierto, estimado preliminarmente en $114 billones entre 2024 y 2033[7], sin fuentes de financiación claras ni estudios técnicos suficientes. Entre las principales preocupaciones emitidas respecto a las iniciativas para reestructurar el sistema se destacaron:

• Capacidad técnica de la ADRES: Se cuestionó la suficiencia técnica y operativa de la Administradora de los Recursos del Sistema (ADRES) para asumir el rol de pagador único, dada su actual dependencia de auditorías externas y deficiencias en sistemas de información.
• Gestión del riesgo: El cambio de las EPS a Gestoras de Salud y Vida genera incertidumbre, pues estas abandonarían la gestión del riesgo en salud, para limitarse a labores administrativas.
• Incertidumbre normativa: Las deficiencias en la reglamentación sobre el flujo de recursos y el saneamiento de hospitales públicos genera riesgos de desequilibrio financiero durante la transición propuesta.

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La crisis del sistema de salud en Colombia se refleja en las crecientes dificultades financieras de sus actores, el aumento de las deudas y las barreras en el acceso oportuno a servicios y medicamentos.

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Vigilancia de los recursos públicos en salud (2022-2026)

Durante este cuatrienio analizado, bajo el marco del Acto Legislativo 04 de 2019, la delegada para el sector Salud ha ejecutado 247 actuaciones de control fiscal priorizando auditorías financieras y de cumplimiento a EPS, hospitales públicos y entes territoriales.

El cuadro 2 representa las actuaciones de fiscalización por parte de la contralora delegada de Salud de la CGR para el periodo 2022-2025.

Durante el periodo comprendido entre el segundo semestre de 2022 y el primer semestre de 2026, se ejecutó un total de 247 actuaciones de control fiscal, distribuidas en 236 Actuaciones de fiscalización por tipo de control y tipo de actuación PNVCF Control posterior y selectivo Control preventivo y concomitante Total general Auditoría financiera Auditoría cumplimiento Auditoría desempeño Actuaciones especiales de fiscalización Total Seguimientos permanentes Total 2022* 1 40 0 0 41 4 4 45 2023 4 68 1 7 80 2 2 82 2024 5 46 0 1 52 3 3 55 2025 5 58 0 0 63 2 2 65 Total general 15 212 1 8 236 11 11 247 actuaciones de control posterior y selectivo, y once, de control preventivo y concomitante. En la vigencia 2023 se registró un mayor número de actuaciones de control fiscal, con 82. Durante el periodo, fueron ejecutadas un total de quince auditorías financieras, 212 auditorías de cumplimiento, una auditoría de desempeño, ocho actuaciones especiales de fiscalización y once seguimientos permanentes.

Alertas tempranas

La CGR ha emitido 18 alertas tempranas para prevenir la pérdida de recursos en proyectos de infraestructura, como la construcción de hospitales regionales, y para vigilar el flujo de recursos del sistema. En mayo de 2026, la CGR emitió una advertencia institucional sobre la ineficacia de las intervenciones forzosas de la SNS. El ente de control concluyó que estas medidas no han logrado estabilizar financieramente a las entidades; por el contrario, casos como el de la Nueva EPS muestran un deterioro alarmante, con faltantes de $4,9 billones en reservas técnicas y $13,6 billones en anticipos pendientes de legalizar.

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Pese a los desafíos de sostenibilidad y acceso que enfrenta el sistema, existen capacidades institucionales y programas de salud pública que han generado mejoras medibles en indicadores de salud de la población, que deben seguir fortaleciéndose.

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Estudios sectoriales

Desde la perspectiva macrosectorial, la delegada profundizó en el análisis de situaciones relevantes para el sector y el control fiscal. Dentro de las principales conclusiones de los estudios[8] se encuentran:

• Para 2023, un total de 31 EPS evaluadas mostraron desempeño deficiente en los indicadores de monitoreo de la calidad establecidos en la normatividad vigente. De los 16 indicadores asociados a la gestión del riesgo en salud, el régimen contributivo tiene seis indicadores dentro de rangos de cumplimiento, mientras que cinco se ubican por debajo de la meta, y cinco, en nivel crítico. Por su parte, en el régimen subsidiado se observa un desempeño más bajo: tres indicadores de cumplimiento, seis por debajo del estándar y siete en condición crítica. Destacable la situación de las EPS indígenas, que registran nueve indicadores en nivel crítico, indicadores que ilustran las brechas en los resultados en salud.
• La SNS reportó que durante el periodo 2019-2022 impuso sanciones económicas a las EPS por un valor de $6.642.848.730, derivadas de fallas en la prestación de servicios. De manera complementaria, la CGR, en el marco de auditorías adelantadas entre 2018 y 2021, identificó 152 hallazgos fiscales por un valor de $26.301.001.979 asociados al uso indebido de recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS) para el pago de multas, configurando así una práctica contraria al marco legal vigente.
• Frente al análisis del flujo y uso de los recursos de los Presupuestos Máximos (PM) se identificó inequidad entre los regímenes contributivo y subsidiado: durante el periodo 2020-2023, tres cuartas partes de los recursos del rubro PM se destinaron al pago de servicios y a tecnologías no cubiertas por la UPC para afiliados del régimen Contributivo, aun cuando hay más afiliados al régimen Subsidiado. En 2020, hasta 13 de 25 EPS reportaron ingresos por PM que superaron los costos de las tecnologías no cubiertas por la UPC, y en 2021 hubo siete de 26 EPS que tuvieron sobrantes presupuestales. En cambio, en 2022 solo una EPS de 26, y en 2023, solo una de 27, presentaba remanentes.
• Tras analizar las intervenciones a las EPS por parte de la SNS, los resultados arrojaron que el 75 % de las EPS en intervención presentan un desempeño global medio-bajo, por lo que, aunque se observan avances en la ejecución operativa, las intervenciones aún no consolidan la sostenibilidad financiera ni la eficiencia plena en el uso de los recursos. A 31 de mayo de 2026, nueve de 28 entidades se encuentran bajo alguna medida administrativa por parte de la SNS.
• Luego de revisar once procesos de liquidación entre 2019 y 2024, el estudio detectó que, del monto inicial de cuentas por cobrar de las EPS liquidadas, de $3,05 billones, se materializó un recaudo efectivo de $186.000 millones, que representan apenas el 6,07 % del total adeudado. Por su parte, del saldo inicial de cuentas por pagar de las entidades liquidadas, de aproximadamente $13 billones, se pagaron $5,9 billones, con lo que queda un pasivo residual de $7,13 billones sin resolver después de uno a cuatro años del proceso de liquidación, lo que afecta directamente a proveedores de servicios y trabajadores del sector.
• Sobre los efectos de las liquidaciones, se concluyó que, respecto a la deuda reconocida por las EPS liquidadas a las Empresas Sociales del Estado (ESE), existe un comportamiento creciente entre 2019 y 2022. De las acreencias que se reconocieron a las ESE, se pasó de $4.058 millones a $743.747 millones en 2022. Sin embargo, en 2023 la acreencia reconocida disminuyó a $466.743 millones, y finalmente, en 2024, esta ascendió a $769.800 millones, cifra que se encuentra en el limbo jurídico y financiero, pues no hay claridad sobre la fuente de recursos para sanear estas deudas, situación que afecta directamente la liquidez de las ESE en el país.

El gráfico 2 muestra las acreencias reconocidas y pagadas por once EPS liquidadas a las ESE entre 2019 y 2024.

Perspectivas a corto y mediano plazo

La gestión microsectorial y macrosectorial realizada por la delegada para el sector salud pone sobre el escenario institucional y ciudadano los siguientes elementos para la discusión de política pública y vigilancia de los recursos en salud en los próximos años:

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En general, los resultados confirman que las dificultades en el acceso a medicamentos constituyen un fenómeno extendido en el país.

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1. Sostenibilidad y saneamiento de cartera: Se requiere, y con carácter urgente, reglamentar y operativizar mecanismos efectivos de saneamiento de deudas a la red de prestadores del sistema, incluyendo los gestores farmacéuticos, al igual que estandarizar el cálculo de los gastos administrativos en los procesos de liquidación, para evitar la discrecionalidad de las EPS.
2. Fortalecimiento del Pagador Único (ADRES): Ante la posible terminación de la intermediación financiera, la ADRES debe robustecer ampliamente su capacidad técnica de auditoría médica y su sistema de información interoperable, para evitar la pérdida de recursos en el giro directo.
3. Materializar el enfoque en determinantes sociales: La política pública en salud debe priorizar la materialización real de la Atención Primaria en Salud (APS), especialmente en zonas dispersas, para reducir las brechas en los resultados de indicadores regionales, como, por ejemplo, el de mortalidad materna e infantil, que funciona como un “termómetro social” que refleja las desigualdades en el desarrollo de un país.
4. Supervisión preventiva: Transitar de un modelo de intervención forzosa ex-post a una vigilancia basada en indicadores de alerta temprana sobre el desempeño y el cumplimiento de los indicadores de habilitación financiera y solvencia (Patrimonio adecuado, Capital mínimo y Reservas técnicas).
5. Uso de presupuestos máximos: Fortalecer el mecanismo y su impacto positivo directo en la sostenibilidad del sistema y la atención al paciente, garantizando que los recursos no se utilicen para gastos administrativos.
6. Oportunidad y acceso en la entrega de medicamentos: Es imperativo superar la crisis de la relación de las EPS con los gestores farmacéuticos, los cuales deben garantizar la capacidad técnica y operativa que permita cumplir con los estándares de calidad requeridos.

Conclusión

El balance del periodo 2022-2026 deja una lección clara para el sector: la crisis del sistema de salud en Colombia se refleja en las crecientes dificultades financieras de sus actores, el aumento de las deudas y las barreras en el acceso oportuno a servicios y medicamentos. Esta situación compromete la sostenibilidad del sistema y la garantía efectiva del derecho fundamental a la salud. Por ello, se requieren medidas urgentes que fortalezcan la política pública y mejoren la gestión de los recursos del sector.

Un punto importante es que la cobertura universal (afiliación) no garantiza el derecho a la salud si no hay sostenibilidad financiera ni eficiencia en el uso de los recursos. En este contexto, el modelo de intervención forzosa implementado por la SNS ha evidenciado limitaciones significativas para lograr la estabilización financiera de las entidades intervenidas. Lejos de registrar una recuperación patrimonial, la mayoría de estas entidades han profundizado su situación de insolvencia y deterioro financiero durante el periodo de administración estatal.

Un nuevo gobierno deberá impulsar una agenda de fortalecimiento de la política pública de salud orientada a garantizar la sostenibilidad del sistema, la eficiencia en el uso de los recursos y la protección efectiva del derecho fundamental a la salud. Para ello, será fundamental promover herramientas de gestión preventiva basadas en alertas tempranas y adoptar medidas regulatorias que permitan el saneamiento oportuno de las obligaciones financieras del sector, a fin de aportar a la estabilidad de la red prestadora y a la continuidad de los servicios.

Frente a la crisis que enfrenta el sector salud, la CGR continuará ejerciendo plenamente sus competencias constitucionales y utilizando sus capacidades técnicas para salvaguardar el patrimonio público y prevenir el uso indebido de los recursos destinados a garantizar este derecho fundamental. Con ello, contribuirá al fortalecimiento de las políticas públicas orientadas a mejorar la sostenibilidad, la eficiencia y la equidad del sistema de salud colombiano, promoviendo su evolución hacia un modelo que responda de manera efectiva a las necesidades de la población. EC

[1] Profesionales de la Dirección de Estudios Sectoriales en Salud con apoyo de Diana del Pilar Leiva Bisbicuth, directora de la misma.

[2] OECD Reviews of Health Systems Colombia, (2016).

[3] Country Profile Colombia Region Of The Americas, (2024).

[4] Ministerio de Salud y Protección Social (2026). Informe de tutelas por vulneración del derecho a la salud.

[5] Estado del Aseguramiento en Salud por parte de las EPS y los Programas de Salud de las Cajas de Compensación Familiar1 de enero-31 de diciembre vigencia 2024-2025.

[6] Ibidem.

[7] Ministerio de Hacienda y Crédito Público (2023). Escenario de factibilidad del Proyecto de Ley 339.

[8] Contraloría General de la República. Análisis sectoriales y políticas públicas. Salud.

Referencias Bibliográficas

• Administradora de los Recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud. (2026). Base de Datos Única de Afiliados (BDUA). https://www.adres.gov.co/entidades-territoriales/bdua/Paginas/default.aspx
• Contraloría General de la República. (2023). Consideraciones sobre el Proyecto de Ley 339 de 2023. https://www.contraloria.gov.co/documents/4305074/5198420/ An%C3%A1lisis+del+recorrido+del+Proyecto+de+Ley+No+339_vf.pdf
• Contraloría General de la República. (2023). Suficiencia de los recursos de la UPC para las vigencias 2020–2022. https://www.contraloria.gov.co/documents/4305074/5198420/ BMS+No.+17+Suficiencia+recursos+de+la+UPC+vigencias+2020+2022.pdf
• Contraloría General de la República. (2024). Reflexión sobre los costos de la reforma a la salud. https://www.contraloria.gov.co/documents/4305074/5198420/ Bolet%C3%ADn+An%C3%A1lisis+de+gastos+de+la+Reforma+a+la+Salud-1.pdf
• Contraloría General de la República. (2025). Análisis de las intervenciones a las EAPB por parte de la SNS, 2019–2024. https://www.contraloria.gov.co/resultados/informes/analisis-sectoriales-y-politicas-publicas/salud
• Contraloría General de la República. (2025). Informe estado del aseguramiento en salud, vigencia 2024. https://www.contraloria.gov.co/documents/20125/8894985/ Info+Estad+Asegura+Salud+29+EPS+y+CCF+2024-02.07.2025.pdf
• Contraloría General de la República. (2026). Advertencia sobre riesgos en recursos de EPS intervenidas. https://www.contraloria.gov.co/w/contraloria-advierte-riesgos-sobre-recursos-del-sistema-de-salud-en-epsintervenidas? linktype=1
• Ministerio de Hacienda y Crédito Público. (2023). Escenario de factibilidad del Proyecto de Ley 339. https:// www.minhacienda.gov.co/documents/20119/2169404/escenario+de+factibilidad_231129_092601.pdf/
• Ministerio de Salud y Protección Social. (2026). Informe de tutelas por vulneración del derecho a la salud https://www.minsalud.gov.co/sites/rid/Lists/BibliotecaDigital/RIDE/DE/CA/informe-tutelas-vulneracion-derechosalud- 2025.pdf
• Organisation for Economic Co-operation and Development. (2016). OECD reviews of health systems: Colombia 2016. https://www.oecd.org/content/dam/oecd/en/publications/reports/2015/12/oecd-reviews-of-healthsystems- colombia-2016_g1g60deb/9789264248908-en.pdf
• Superintendencia Nacional de Salud. (2026). Reportes de peticiones, quejas, reclamos o denuncias (PQRD). https://www.supersalud.gov.co/es-co/nuestra-entidad/cifras-y-estadisticas
• World Health Organization. (2024). Country profile: Colombia. https://www.who.int/about/accountability/results/ who-results-report-2024-2025/country-profile/2024/Colombia

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